Nach dem Vorfall auf Shadow Moses Island sickerten Informationen über die einstmals streng geheime Metal Gear Technologie dank Revolver Ocelot auf den Schwarzmarkt. Es entstanden unzählige Variationen von Metal Gear in allen Ländern der Welt. So wurde Metal Gear zu einer bedrohlichen Ergänzung der bestehenden Nuklearwaffen und Armeen.
Inmitten dieser Ereignisse findet sich Solid Snake wieder, der nun ein Mitglied der Anti-Metal-Gear-Einheit "Philanthropy" ist. Snake hat soeben von einem neuen Metal-Gear-Prototyp erfahren, der von der U.S. Marine entwickelt wurde. Unter strengster Geheimhaltung soll dieser zu einem unbekannten Zielort gebracht werden. Um mehr über diese Maschine zu erfahren, muss sich Snake auf den Öltanker begeben, der auf dem Hudson River als Tarnung für den Transport dient. Just in dem Moment, in dem Snake mit seiner Mission beginnen will, wird das Schiff von einer mysteriösen, gut bewaffneten Truppe geentert. Diese paramilitärische Einheit hat offensichtlich vor, den neuen Metal Gear in ihre Gewalt zu bringen. Aber sie haben ihre Rechnung ohne Solid Snake gemacht ...