Leroy Jethro Gibbs leitet ein spezielles Ermittlerteam, das Verbrechen untersucht, die in Zusammenhang mit der US Navy oder Marine-Corps-Angehörigen stehen. Unterstützung bekommt er durch Anthony DiNozzo, einem ehemaligen Angehörigen des Morddezernats, Caitlin Todd, einer ehemaligen Secret-Service-Agentin und der Forensikerin Abby Sciuto. Dr. Donald Mallard, ein ausgewiesenes As der Gerichtsmedizin, macht das Team komplett. Ihre Ermittlungen führen sie mitunter um die ganze Welt und sie treten immer dann in Aktion, wenn Teile der US-Streitkräfte in Mord, Terror oder auch Spionage verwickelt sind.

Die Helden dieser Serie sind Ermittler eines Teams, dessen Aufgabe es ist, Fälle zu untersuchen, in denen Navy- oder Marine-Personal verwickelt ist. Das Team, das nicht den militärischen Bestimmungen unterliegt, wird geleitet von Special Agent Leroy Jethro Gibbs. An seiner Seite ermitteln Special Agent Anthony DiNozzo, Agentin Kate Todd, die Forensikerin Abby Sciuto und der Mediziner Dr. Donald "Ducky" Mallard. Navy CIS bedeutet im Original NCIS = Naval Criminal Investigative Service.

01x13 Todesschüsse (One Shot, One Kill)
Ein Offizier wird während seines Dienstes in seinem Büro erschossen. Während Gibbs und seine Leute noch mit dem Mord beschäftigt sind, wird bereits ein zweiter Offizier nach dem selben Muster getötet. Beide wurden mit äußerster Präzision aus weiter Entfernung erschossen. Außerdem hinterlässt der Täter bei jedem seiner Opfer eine weiße Feder. Zusammen mit Kate versucht Gibbs, den Serienmörder zu stoppen, bevor er ein weiteres Mal zuschlägt ...

01x14 Der gute Samariter (The Good Samaritan)
Auf einem Navy-Stützpunkt in Virginia wurden mehrere Männer ermordet. Laura Seeger, die Frau des dritten Opfers, und die Marineärztin Margret Green haben beide ein Tatmotiv, doch leider auch ein hieb- und stichfestes Alibi. Da die Opfer nichts gemeinsam haben, glaubt Gibbs, dass die Morde in Wirklichkeit der Tarnung eines anderen Verbrechens dienen sollen ...

01x15 Der Colonel (Enigma)
Im Irak ist ein amerikanischer Geldtransporter überfallen worden. Colonel Ryan, ein alter Freund von Gibbs, ist seither mit zwei Millionen Dollar verschwunden. Kurze Zeit später erhält Gibbs ein Päckchen von Ryan. Heimlich treffen sich die beiden in einer alten Lagerhalle. Dort erzählt Ryan, dass er umgebracht werden soll, da er von einer Verschwörung bis in die höchsten Regierungskreise weiß ...

01x16 Alptraum im Keller (Bete Noir)
Bei einer Autopsie werden Ducky und Gerald von einem Terroristen überwältigt, der sich in einem Leichensack versteckt gehalten hatte. Er nennt sich selbst Ari und fordert die Herausgabe der Leiche und der Blutprobe eines anderen Hamas-Anhängers namens Qassam. Wenn seine Forderungen nicht erfüllt werden, wird er Gerald und Ducky töten. Bei dem Versuch, den Entführer zu täuschen, fällt auch Kate Ari in die Hände. Gibbs und ein Spezialkommando wollen die Geiseln befreien ...

01x17 Fünf Musketiere (The Truth is Out There)
Ein junger Navy-Angehöriger wird in der Decke eines alten Lagerhauses tot aufgefunden. Untersuchungen ergeben, dass er bei einem Autounfall ums Leben gekommen ist. Als das NCIS-Team herausfindet, dass der Mann 40.000 Dollar in seinem Zimmer liegen hatte, wird der vermeintliche Unfall zu einem mörderischen Verbrechen. Am Abend vor seiner Ermordung hatte das Opfer noch mit seinen Freunden in dem Lagerhaus eine Party gefeiert, die mit einem tödlichen Streich endete ...

01x18 Falsche Fährten (UnSEALed)
Jack D. Curtin, ein wegen Mordes verurteilter Häftling und ehemaliger Navy Seal, ist aus dem Gefängnis ausgebrochen. Gibbs und sein Team sind ihm auf den Fersen und rollen den Fall noch einmal neu auf. Curtin behauptet nämlich, dass er damals seine Frau mit dem Fernsehtechniker bereits tot im Schlafzimmer gefunden hatte. Niemand will ihm glauben - nur Gibbs ist von Curtins Unschuld überzeugt und sucht den wahren Täter

01x19 Wenn Tote sprechen (Dead Man Talking)
Chris Pacci, einer von Gibbs Special Agents, ist bestialisch ermordet worden. Den Tag zuvor hatte er Gibbs um seine Hilfe bei einem drei Jahre alten Fall gebeten. Damals hatte Lieutenant Commander Voss die Navy per Kreditkartenbetrug um Millionenbeträge erleichtert. Kurz vor Prozessbeginn starb Voss allerdings bei einem Autounfall. In diesem Zusammenhang beschattet das NCIS-Team die junge Amanda Reed. Schnell findet Gibbs heraus, dass sie etwas mit Paccis Tod zu tun haben muss. ...

01x20 Willkommen in der Hölle (Missing)
Sergeant Bill Atlas ist verschwunden - Gibbs nimmt die Suche auf. Das NCIS-Team findet heraus, dass Atlas vor seinem Verschwinden um sein Leben fürchtete, da bereits mehrere seiner Kameraden entführt und verhungert sind. Die Opfer haben etwas gemeinsam: Sie dienten, wie Bill Atlas, 1992 unter Major Joe Sacco in Okinawa. Gibbs vermutet Sacco hinter den Serienmorden, doch als Tony plötzlich verschwindet, steht fest, dass Sacco nicht allein dahinter steckt...

01x21 Verbotene Waffen (Split Decision)
Im Wald wird die Leiche eines Marines gefunden. Gibbs und sein Team finden heraus, dass Sergeant Thomas Grimm scheinbar in illegale Waffengeschäfte verwickelt war. Er muss jedoch Komplizen aus den eigenen Reihen gehabt haben, dennoch hat jeder der Kameraden ein wasserdichtes Alibi. Bei einem Undercover-Einsatz im Waffenhändlermilieu begibt sich Gibbs in große Gefahr..

01x22 Abgestürzt (The Weak Link)
Beim Training für eine streng geheime Mission stürzt Lieutenant Rick Johnson, Mitglied der Navy Spezial-Einheit Seals, beim Klettern in die Tiefe und verunglückt tödlich. Obwohl zuerst alles nach einem Unfall aussieht, wird Gibbs hellhörig, als herauskommt, dass die Kletterausrüstung manipuliert wurde. Das NCIS-Team hat weniger als 48 Stunden Zeit, um den Mord an Johnson aufzuklären, da sonst der Sondereinsatz der Seals gefährdet sein könnte ...

01x23 Der Terrorist (Reveille)
Seit dem Geiseldrama, bei dem Kate und Ducky von einem Hamas-Terroristen gefangen gehalten wurden, plagen Gibbs schreckliche Albträume. Er ist sich sicher, dass der Verbrecher zurückkehren wird, um Kate zu töten. Als der Geiselnehmer tatsächlich auftaucht, scheint sich Gibbs Vorahnung zu erfüllen, denn Kate wird entführt. Doch Gibbs ist ihm bereits auf den Fersen, denn es steht nicht nur Kates Leben auf dem Spiel. Die Terroristen planen einen Anschlag auf den Präsidenten ...